木兰园改造工程为院省市三方共建项目13个专类园改造中的子项目。该工程共投资250万元，主要是对原木兰园进行生态改造并新引一些木兰科植物种类。自2004年11月开工，于2005年4月底基本完工。
   木兰园东至华南植物园南门，西接华南珍稀濒危植物繁育中心，南靠竹园，北连华南快速干线。改造后的木兰园占地面积为170亩，新增20亩。新增14种木兰科植物，包括从云南、陕西、台湾等国内各地新引的11个品种，以及美国的“南方木兰”、泰国的“泰国木莲”和“诗琳通木兰”等3个国外品种。新增人工湖及玉兰亭、木兰亭、桥等园林设施，以及园内小路、排水设施等。
   改造后的木兰园不仅是世界上木兰科植物种类最为完整、种质基因最为丰富的木兰园之一，也是世界木兰科植物的保育、研究中心；而且将以其对园林观赏木兰植物花果形态的充分展示和优美的园林风貌，成为游客流连忘返的休闲之地和接受科普教育的重要场所。