2004年，在院、省、市各级领导和部门的关心与支持下，在园党政领导班子带领下，全园职工以邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观为指导，贯彻落实中科院新时期办院方针和发展战略，结合华南植物园实际，围绕中心工作，勇于创新，开拓进取，多项工作取得历史性突破，呈现出良好的发展势头。
凝练科学目标，科研产出取得突破。创新研究组进行了考核和调整，将创新研究组分为基础创新、定向创新和探索创新三类，建立健全了科研工作考评体系；广东省数字植物园重点实验室获广东省科技厅批准，填补了重点实验室的空白；与广州能源研究所共建“资源和能源作物实验室”，培育科技新增长点。
    以博士生王英强及其导师张奠湘、陈忠义研究员的论文在国际权威刊物《Nature》上发表为标志，科研产出取得重大突破。据统计，2004年我园科技人员年度发表期刊论文234篇，其中SCI/EI/ISTP论文68篇；会议论文46篇；专著（主编或副主编）3册；申请专利11项，授权6项，科研产出创历史最好水平。加强引种工作，年度新引进植物2500多种（品种），使华南植物园保存植物种类达到了8000多种。
    重视人才工作，人才培养和引进取得突破。制定并实施《华南植物园人才发展规划》。2004年成功引进高级人才2人，另有2人通过园组织的答辩；同时引进国外留学博士5人，国内博士3人，硕士1人到园工作。我园培养的蒋跃明研究员、赵平研究员分获国家杰出青年基金A和B的资助。晋升聘用研究员3名，副研究员8名。2004年，我园在学博士生83人，硕士生104人，在学研究生人数再创历史新高。
    共建工作稳步推进，园区基本建设取得突破性进展。8个共建项目中，标本馆、实验楼改造工程竣工，并投入使用，其余7个项目2004年底可全部进入施工阶段。三个重点建设项目——水系改造工程在建，大型展览温室、广州第一村暨地带性植物园，以及城市植物多样性景观生态园和珍稀濒危植物繁育中心已完成招标工作，年底进入施工阶段；11个专类园改造工程中的苏铁园、棕榈园、阴生植物园、兰园、药园、孑遗植物园已改造完毕，其余6个专类园正在施工建设中；科普信息中心、游客服务中心和停车场已完成初步设计方案，预计2005年5月竣工。
    投资900多万元，对实验大楼和科研办公楼进行全面改造装修，实验仪器和办公设施全面更新，其科研条件达到了国外同类研究单位水平；植物标本馆扩建和旧馆改造后，馆藏总面积增加到5600㎡，并按国内或亚洲一流硬件标准配置了标本柜、电梯、空调、排风系统等基本设施；原所部园区排污工程已通过初步验收，困扰多年的排污问题得到解决；总投资1800万元的强弱电、道路、环境绿化等科研生活园区基础设施建设与改造项目已进入施工招标阶段。
   此外，华南植物园启动了中长期发展规划和院三期知识创新工程方案的编制工作，体制机制改革和组织结构调整、制度文明和规范管理、党建和创新文化建设、特色科普教育等方面的工作均取得了可喜的成绩。