自1956年建园以来，华南植物园总体规划已先后进行过4次大的修改和调整。本次规划设计是最全面、最科学、最合理的一次。规划前期，邀请了目前国内仅有的4家园林规划设计甲级资质的设计单位参与，经专家评审确定由“广州园林建筑规划设计院”承担该园总体规划的设计工作。规划中期，为了从学术上严格把关，华南植物园不仅成立了植物园建设专家委员会，还组织了国内外植物园建设专家对总体规划进行了13次的修改和论证，至此，华南植物园总体规划方案初战告捷，并分别上报广州市规划局和广州市市政园林局。规划后期，特邀美国密苏里植物园主任暨前美国总统科学顾问Peter Raven博士专程来园，与国内同行专家一同对总规进行了论证和修改。结合广州市市政园林局程序设计城市规划局对华南植物园总体规划提出的修改意见进行了再次修改并上报。在历史资料和报批手续不全的情况下，通过多方协调和努力，2003年12月19日，广州市规划局正式批准了华南植物园的总体规划方案。今后华南植物园的建设和发展将以批准的《华南植物园总体规划》（穗规批〔2003〕195号）为依据和“蓝本”，进行科学、规范和有序建设。