自1997年以来，华南植物园先后被认定为国家和省、市的科普教育基地、青少年科技教育基地、环境教育基地，并多次受到政府及相关部门的嘉奖。在此基础上，华南植物园向上述部门申报了广州市第三批爱国主义教育基地。经专家组实地评审后，认为华南植物园拥有飞鹅岭新石器时代遗址、朱澄古墓、陶铸塑像、名人植物植树区等丰富的爱国主义教育资源，同时具备完善的科普教育设施和丰富的科普教育经验，在社会教育方面取得了显著的效果，符合爱国主义教育基地的条件，从而决定命名华南植物园为广州市第三批爱国主义教育基地，并将于2003年10月举行挂牌仪式。这是华南植物园首次被确认为爱国主义教育基地。

    此外，广州市委宣传部已向各个教育基地收集文字图片资料，拟出版《广州市爱国主义教育基地》宣传画册。该画册将免费向广州市的各个中小学校赠送一本。