珠江三角洲地区是改革开放前沿，毗邻港澳台，面向东南亚，近代以来一直是我国与国际及地区交流合作的窗口，有利于国际科技合作及人才交流。华南植物所历史悠久，地理位置优越，自建所以来一直以其区系特色、植被特色、地史特色和上面提到的地缘特色这四大特色而在科学院乃至国家层面具有不可替代性。该所利用这一优越的地缘优势，长期与港澳台地区进行合作，最近更在“面向港澳台和东南亚”的路上又迈出一大步。

    华南植物所与香港的科研与教学单位合作与交流的历史渊源甚深。抗日战争期间，就在香港九龙设有办事处，1938年曾将全部重要植物标本、图书、仪器分批运至香港保存，并继续开展研究工作。1987年华南植物园与香港嘉道理农场暨植物园缔结为姐妹园，开展合作研究和进行学术交流；1980年以来，与香港政府、科研机构和大学广泛合作，开展科研工作和派出研究生攻读博士学位。香港回归祖国以来，与香港特别行政区政府渔农自然护理署长期开展合作研究，到目前为止，该所已先后承担三个项目，经费合计570多万港币。

    1998年，华南植物所与香港渔农自然护理署合作，承担“香港标本馆馆藏标本审定”工作，项目总经费298万港币。该项目现已基本完成，馆藏的35000号标本已全部鉴定完毕，发现了大量的模式和等模式标本，这对我们篇写《中国植物志》具有重要的参考价值。本次审定过程中还发现了一个中国大陆的新分布科--霉草科，完成并出版了包括120多种香港珍稀濒危植物的《香港珍稀濒危植物》一书，完成并出版了《香港植物名录》中英文版各一册，出版了科普小册子10册。2001年，该所继续与该部门合作，承担《香港植物志》第一期的工作，建立了香港植物志的名录、标准和格式。2003年，该所参加该部门向社会公开发布的《香港植物志》招标，一举中标，获得承担《香港植物志》第二期工作的资格，正式承担香港植物志的编研工作。该项目总经费259万多港币，为期三年，按计划将对大约2300种香港本地植物和常见栽培植物进行编写和编辑，预计编辑成4卷出版。

    从1990年起，华南植物所即与澳门海岛市政厅合作，多次派员进行澳门植物的分类与生态研究工作。2003年，受澳门民政总署下属的园林绿化部邀请，该所由植物及生态学专家组成的专家组一行6人，对澳门的植物与植被状况进行了初步考察，并就双方合作事宜进行了初步协商。整个合作研究内容包括澳门植物（植被）调查、植物志（植被志）撰写及生物多样性长期监测等几个部分。整个项目将按计划分阶段进行。目前，华南植物所与澳门民政总署的首期合作已获对方正式批准，“澳门植物调查”工作正按计划进行。首期内容包括澳门植物名录的编写、澳门植物志前期工作准备以及植物分类学知识培训等，经费38万多澳币。第二阶段“澳门植物志”项目总经费100万元澳币也已获得澳门的批准立项，项目合同正在审阅和签署过程中。