2002年12月16日，中国科学院、广东省人民政府、广州市人民政府在广州联合举行共建"中国科学院华南植物园"签约仪式。三方按1：1：1的比例共同投入3亿元，打造亚洲一流的综合性植物园。中科院院长路甬祥、广东省省长卢瑞华、广州市常务副市长沈柏年分别代表各方在合作协议上签字。

    四季常青、风光旖旎的华南植物园位于广州市的东北郊，占地4500亩，有热带、亚热带植物6000余种，是隶属于中科院华南植物研究所的植物科学研究基因库，在全国屈指可数的几家名植物园中名列前茅，也是进行植物科学教育的科普基地、著名的旅游胜地，更是广州市的"氧吧"和"市肺"，是美丽花城不可或缺的组成部分。华南植物园建于1956年，几经风风雨雨，终成今天之规模，在她身上凝聚着几代植物科学家和广东省乃至全国父老乡亲的心血和汗水！共建华南植物园，是新时期中科院、广东省和广州市实施可持续发展战略的重大举措，也是中科院知识创新工程与地方环境建设紧密结合的产物。

    按照共建协议，三方拟用5-10年的时间把华南植物园建设成为亚洲一流、具国际水准的有典型热带亚热带特征的综合性植物园，生物多样性保育植物达10000种。该园现有的如姜园、木兰园等30个专业园中部分专类园世界领先，其余国内领先；经过10-30年的时间，使之成为国际著名的热带亚热带植物园。成为具有国际先进水平的中国热带亚热带地区生物多样性保育、植物迁地保护、引种驯化的研究基地和国家级重点植物科学和环境保护的科普教育基地、国内先进水平的植物资源研究和产业化基地以及园林景观、环境、管理、服务和效益都达国内一流水平的生态旅游休闲度假基地。

    华南植物园，美丽羊城的绿色明珠，祖国南方在都市中一块难得的绿洲，如今又翻开新的一页。

    中共中央政治局常委、原中共中央政治局委员、广东省委书记李长春同志非常重视华南植物园的共建工作。长春同志2002年5月3日视察华南植物园时以及前、后曾就共建华南植物园问题作过重要指示。

    同年12月28日，刚上任的中共中央政治局委员、广东省委书记张德江视察华南植物园并在华南植物所所长彭少麟的书面汇报上批示：

    华南植物园基础条件很好，多年来为我国的科学事业、经济建设、科学普及和环境保护都做出了巨大贡献。中国科学院和广东省共建华南植物园意义深远、十分明显。华南植物园进入了新的发展阶段。希望你们抓住机遇，很好谋划，建设国际一流的植物园。

    中国科学院路甬祥院长、陈宜瑜和陈竺副院长以及各局局长等先后多次就共建华南植物园事谊与地方领导协商并作出指示，特别是2003年3月11日，路院长指示"华南植物园项目，关键在组织领导和组建强有力的执行班子，设计一个好的改造和建设方案。望抓紧、抓好、抓实"。

    2002年5月，华南植物园进入中科院知识创新工程序列；同年，华南植物研究所完成了"所园一体化"的结构性
调整工作。

    目前，经过12次修改的华南植物园总体规划和多次修改的共建项目已通过中国科学院植物园网络建设领导小组和科学指导小组的论证。随后，总体规划已报广州市规划局和市政园林局，近期已经批复。八个项目已报广州市计委立项并获批复。2003年度的1.5亿元投资计划已编制完毕并上报有关部门。目前，华南植物园基本解决了涉及共建的历史遗留问题。此外，广州市还将华南植物园园列入广州市"十年一大变工程"另行给予重点支持。
目前，标本馆等项目已立项动工建设。实验楼改造和园区建设已动工，科普信息中心已基本完成设计工作并即将进行招投标。其它各项目也已在设计招投标准备工作中。此外，今年新引重要植物种类800种，为专类园的改造和温室建设做好了准备。

    为共建工作成立了领导小组（院省市局级及以上领导11人）、工作小组（院省市处级领导14人）、共建工作办公室（专职6人）。共建办公室对华南植物所（园）所务会及共建工作小组负责，有专人分工及各个项目时间进度安排。
根据中科院的部署，华南植物园（所）的机构设置为"两部一园"（研究部、园艺部、鼎湖山树木园）和两处一办（科研教育处、财务资产处、综合办公室）。研究部包括标本馆、鼎湖山森林生态系统定位研究站、鹤山丘陵综合试验开放站、小良生态定位站、保育研究中心、化学与分子生态学实验室。主要学科方向是：面向国家重大需求和学科发展前沿，围绕退化生态系统的恢复与重建、环境与生态安全、物种的演化形成与维持、植物资源储备与可持续利用，进行基础性、前瞻性和战略性研究，建成为我国科技创新、人才培养与科学知识传播的重要基地，并在恢复生态学与系统演化植物学领域发展成为世界公认的高水平研究所。

    华南植物园（所）正在研究的重大项目：国家重点基础研究（973）项目、国家基金重大项目、中科院知识创新工程重大及重要方向项目、中科院海外杰出学者基金、广东省科技计划重大专项、广东省基金重大重点等项目20多项，其中，国家基金重大项目：我国东部主要农业生态系统与全球变化相互作用机理的研究；中国科学院重要方向性项目：南亚热带典型森林生态系统C循环研究、兰花种质资源收集/新种质的研制和开发利用；广东省基金团队项目：珠江流域典型退化土地的生态恢复与环境效应研究等。

    至2002年底，华南植物园（所）获省部级以上科技成果奖194项次，恢复生态学方面的研究成果先后获国家科技进步二等奖1次，院、省一等奖3次；木兰科、报春花科、姜科等重要类群的系统分类和植物区系研究，多次获得国家级和院、省成果奖。已发表SCI论文167篇。已申请专利16项、授权5项。出版了一批专著：如《中国植物志》和《中国植被》（主要编写单位）、《广州植物志》、《广东植物志》、《广东植被》、《热带亚热带退化生态系统植被恢复生态学研究》等。由该所彭少麟研究员主持的国家基金重大项目"中国东部主要农业生态系统与全球变化相互作用机理的研究"被评为2000年度国家基础研究十大新闻。

    华南植物园（所）主办有由科学出版社出版的《热带亚热带植物学报》，是国家自然科学核心期刊，2001年被评为广东省优秀科技期刊。图书馆总馆藏16万册，其中图书3万册，期刊1300种13万册，资料获取初步实现了数字化、网络化，并大力推进了数字化图书馆的工作。

    华南植物园（所）与美国、英国、法国、瑞士、荷兰、德国、澳大利亚、新西兰、芬兰、俄罗斯、日本、韩国、越南、菲律宾、泰国、马来西亚、新加坡、印度、哥伦比亚、以色列等国家及香港、澳门、台湾地区建立了良好的科研合作关系，特别是近期该所与东帝汶、澳门有关机构达成共建当地植物园的合作协议；与中科院广州地球化学研究所、沈阳应用生态研究所、昆明植物研究所，东北林业大学、中山大学等单位共同承担国家和科学院重大科研项目。
2001年该所办公司迈出了整体转制的步子并在社会上成功融资。由该所控股的"广东中科琪林股份有限公司"是中科院广州分院第一家股份有限公司。华南植物所（园）的整体形象和创新能力将得到全面的提升。

    无论是科研还是开发，华南植物园（所）基础雄厚，实力可观。

    改革促创新，创新使华南植物园（所）充满生机和活力，有各级领导的支持，在几代科学家的共同努力下，可以预料，在不久的将来，华南植物园必定亚洲第一，世界一流，必将为祖国的植物科学事业做出更大的贡献。