一、植物科学研究中心
主任：康明
副主任：罗世孝、陈红锋、王宝生
依托科研平台：标本馆、华南植物鉴定中心、专类园
重点发展方向：植物分类与系统学、进化与保护生物学、植物资源发掘与利用
二、生态与环境科学研究中心
主任：刘占锋
副主任：刘菊秀、鲁显楷、王法明
依托科研平台：鼎湖山站、鹤山站、小良站、海岛站
重点发展方向：恢复生态学、生态系统与全球变化生态学、区域可持续发展
三、农业与生物技术研究中心
主任：侯兴亮
副主任：段学武、杨宝
依托科研平台：植物基因和生物大分子资源发掘平台、植物化学资源发掘平台、特色植物新品种培育平台、特色资源植物智慧化栽培和产业应用示范平台
重点发展方向：农业植物分子遗传、采后生理与代谢、新品种创制与应用
四、园艺科学研究中心
主任：王瑛
副主任：陈红锋、宁祖林
依托科研平台：
重点发展方向：
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