转基因技术可以将从动物、植物及微生物中分离出抗虫、抗病、抗衰老、抗除草剂等有用的特殊基因引入到水稻品种中，从而使水稻产生本身所不具备的性状，使育种学家一直所追求的水稻定向改良成为可能，从而为水稻育种开辟了一条新的途径。
    我国对转基因技术的研究一直非常重视，专门设立了“国家转基因植物研究与产业化专项”来支持这方面的研究，目前进展非常迅速。据统计从1998年到2004年，我国转基因作物的种植从不足50万公顷增加到了370 万公顷（但只占全球总种植面积的 5% ），但在应用方面却是非常慎重，农业部《农业生物基因工程安全管理实施办法》规定，转基因农作物要在生产上大规模应用必须经过四个阶段，即实验研究、中间试验、环境释放、生产试验，同时对其安全性做出准确评价，目前经农业部批准生产应用的转基因作物有棉花、番茄、甜椒等。2004年，全世界共有17个国家种植了转基因作物，种植面积达到了8,100 万公顷，其中美国的种植面积为 4,760 万公顷（占全球总种植面积的 59% ）；阿根廷的种植面积为 1,620 万公顷（占全球总种植面积的 20% ）；加拿大的种植面积为 540 万公顷（占全球总种植面积的 6% ）；巴西的种植面积为 500 万公顷（占全球总种植面积的 6% ）；涉及的作物主要有大豆、玉米、棉花和油菜。从转入的外源基因来看，全球种植面积最大的是具除草剂抗性的转基因作物，其次为具抗虫特性的转基因作物。 2004 年，全球种植的抗除草剂的转基因作物有黄豆、玉米、油菜及棉花等，种植面积共计有 5,860 万公顷，占全球转基因作物总种植面积（ 8,100 万公顷）的 72%。
    华南植物园利用转基因技术成功培育出了抗除草剂的转bar基因水稻和抗衰老的转PSAG12-ipt基因水稻。其中转bar基因水稻分别于2003年和2004年相继通过了农业部“农业生物基因工程安全管理实施办法”规定的中间试验和环境释放试验，试验结果表明转入的bar基因能稳定遗传，并在不同生育期均能充分发挥表达对除草剂的抗性，没有出现基因沉默和基因的漂移现象，2005年被正式批准进入生产试验。利用这项成果可以快速、准确地鉴定杂交稻种子纯度，在简化种子纯度鉴定程序的同时，又可节省纯度鉴定费用，同时这项研究成果在超级杂交水稻的培育、两系杂交稻安全生产、最大限度地降低杂交水稻制种的风险、杂交水稻机械化制种和大田化学除草等方面也有重要的应用价值。